提出要陪着真由理，让男主先去解决桐生萌郁的那封d-mail，希望能赶在真由理死之前将那封d-mail消除。
她还告诉男主：“不管什么事都可以告诉我，无论什么事，无论什么时候都来找我商量吧。不要忘记，无论你身处哪条世界线，你都不是一个人，还有我在。”
第二天，牧濑红莉栖陪真由理去了原本她不愿意去的漫展，男主则通过各种渠道收集信息。
好不容易找到桐生萌郁的住所，令男主惊讶的是，桐生萌郁居然自杀了。
与此同时，牧濑红莉栖的电话打过来，哭着说真由理死了。
确认过真由理的死亡时间之后，男主再一次进行时间跳跃。
连续两次跳跃，回到四天前。
他先跟牧濑红莉栖说明情况，然后，找上桐生萌郁住的破旧公寓。
敲门，无人回应。
开门走进去，里面没开灯，桐生萌郁坐在墙壁的一角，拿着手机，不停地念叨着“fb”。
她曾说过“fb是她的全部”，但现在，fb不理她了，所以她才会自杀。
男主跟桐生萌郁说话，桐生萌郁也没搭理他，于是，他干脆直接抢手机。
桐生萌郁自然不答应。
想到别的世界线，桐生萌郁一次次地杀死真由理，男主气上心头，狠狠打了桐生萌郁一拳，还踹了桐生萌郁一脚，才成功将手机抢过来。
接着，他跑到门外，不顾门内桐生萌郁疯狂的叫喊，疯狂地砸门，在身处研究所的牧濑红莉栖的帮助下，用桐生萌郁的手机发了一条撤销d-mail。
然而，d-mail虽然成功发出去，世界线却并没有发生变动。
百思不解的情况下，男主注意到一个情况，桐生萌郁根本没有换手机，也就是说，当初的那条d-mail，在发出去之前，内容被替换了，根本不是要换手机的d-mail。
无奈之下，男主只能冲进去，将桐生萌郁按倒在地，施展嘴遁，一番对话，让桐生萌郁稍稍冷静下来，还得到了不少关于fb的信息。
比如：fb在桐生萌郁看来像妈妈一样，之所以对fb言听计从，是因为fb给了她容身之所，她根本没见过fb，也不想见fb，因为怕见面的话会让fb失望……
之后，男主从桐生萌郁的手机中找到真正的那封d-mail的内容：老式pc在柳林神社仓库，立刻回收。
知道真正的内容之后，男主便跟牧濑红莉栖配合着，发了第二封撤销d-mail，然而，世界线还是没有发生变动。
必须找出fb，用fb的手机发出指令，这样才有让桐生萌郁撤销行动的可能。
根据桐生萌郁的只言片语，想要找出fb非常困难，但男主没打算放弃。
就在他准备离开的时候，桐生萌郁告诉他，ibn5100在某座大楼内的投币式储物箱中。
似乎还没被取走。
第二十话，男主和牧濑红莉栖商量，打算通过ibn5100顺藤摸瓜，找出fb，过程中，桐生萌郁找来，说她也想见fb，想确认真相。
两人蹲点蹲了一个晚上，到第二天早上，终于有人来取ibn5100。
顺藤摸瓜跟了一路，中间还因为跟丢了一次，只能利用时间跳跃机器重来。
重来一次，继续跟踪，很快男主就发现，ibn5100居然到了显像管店长天王寺裕吾手中，然后被天王寺裕吾用飞机运往sern这个组织所在的国家。
没有出现过像是fb的女人。
男主只能主动找上天王寺裕吾，牧濑红莉栖和桐生萌郁陪同。
在天王寺裕吾家里面，男主开门见山地问了fb在哪里，结果天王寺裕吾自爆，他就是fb。
因为关于fb和桐生萌郁之间的一些事情，只有桐生萌郁和fb本人才会知道，所以身份毋庸置疑。
之后，天王寺裕吾将男主他们叫到附近的某个地方。
桐生萌郁问天王寺裕吾给她的邮件，为什么要使用女性用语，天王寺裕吾直言是为了骗她。
跟桐生萌郁断绝联系，是因为得到ibn5100的那一刻，桐生萌郁就已经没用了。
桐生萌郁说的，fb给了她容身之处，实际上根本就是个笑话。
男主说天王寺裕吾“居然是sern的走狗”，天王寺裕吾解释，他也是身不由己，曾经过得非常艰难，那种情况下，sern朝他伸出了手，仿佛一根蛛丝，他只能顺着那根蛛丝往上爬，等到后面想退出就发现已经根本无法退出了。
背叛的下场就是死。
他掏出一把枪，一枪打中桐生萌郁的胸口。
“你刚才不是说‘走狗’吗？才不是什么狗，我们是家畜啊，我也想过要逃跑，但就算是这样的我，也得到了重要的东西，所以我不想把她牵扯进来，可是，失败是决不允许的，要是逃跑的话，家人就我也失败了，但是绹对此一无所知，只要我死了”
天王寺裕吾说着，拿枪对着自己的脑袋，开枪自杀了。
男主和牧濑红莉栖都惊呆了。
倒在地上，弥留之际的桐生萌郁向男主说了对不起，牧濑红莉栖则提醒男主赶紧找天王寺裕吾的手机。
用天王寺裕吾的手机发撤销d-mail，果然成功了。
世界线变动，ibn5100总算搞到手。
男主将情况告诉桶子和牧濑红莉栖，让桶子入侵sern的系统，帮忙删除最初的那封d-mail。
然而，在牧濑红莉栖的提醒下他才想起来，最初的那封d-mail，就是说牧濑红莉栖被刺的那一封。
也就是说，一旦这一封d-mail撤销，世界线就会向β线移动，真由理多半就能获救，但是这么一来，牧濑红莉栖就得死。
意识到这一点之后，男主惊呆了。
从第十七话到第二十话，大方向确实很容易就被网友们猜了出来，但是具体的内容，具体的展开，是真的让人猜不到。
就比如，fb就是男主他们的研究所楼下的显像管店长天王寺裕吾，这一点根本就没有人能猜到。
消除最初的d-mail，世界线向β线移动，结果是牧濑红莉栖得死，这也是许多人没有预料到的。
天王寺裕吾自杀前的那一段独白，则让人印象深刻又感慨不已。
于是，随着这部动画一话又一话播出，口碑继续得到巩固，评分也在继续一点一点地往上涨，甚至，渐渐地开始有人将这部动画称为“神作”。
不过，《命运石之门》口碑越好，评分越高，写这部动画的脚本的“虚渊准”也随之凶名越盛。